私が普段手動CMカットに使用している方法です。所用時間は30分番組1本あたり2分以内程度です。
AviUtlのキーフレーム書きだし機能を使ってCMカットの結果を出力することでAvisynthと連携します。
準備1：必要なものを導入
・AviUtl
・atf02(logoGuilloに同梱)
・Javaランタイム（JRE, atf02の動作に必要です）
準備2：AviUtlを設定
AviUtlの「編集」＞「現在のフレームをキーフレームにする」にショートカットキーを割り当てます。
私は右シフトの隣、[＼ろ]に割り当てています。
また、「ファイル」＞「環境設定」＞「システムの設定」で「フレーム番号の表示を1からにする」のチェックを外しておきます。
作業1：キーフレームを打つ
AviUtlの下部のシークバーと左右キー（[←]/[→]）を使って、CMと本編の境界を探し、キーフレームを打っていきます。
境界のフレームのうち、本編側をキーフレームに指定します。
＊CMから本編に入った直後のフレーム、本編からCMに移る直前のフレーム、の順に番組の最後まで打っていきます。
＊いきなり本編から始まる場合は一番最初のフレームをキーフレームにします。
＊本編で終る場合は一番最後のフレームをキーフレームに指定します。
作業2：キーフレームリストを保存する
AviUtlのメニューで
「ファイル」＞「エクスポート」＞「キーフレームリスト」
を選び、キーフレームのリストを出力します。
これで手動作業は終わりです。後の工程はBATでの自動処理になります。
＊私は後処理の都合上、デフォルトの"ファイル名.txt"にしています。
BAT処理1：キーフレームリストをTrimコマンドに変換
エンコード用のBAT内で、
変数"ATF_PATH"にatf02が置いてあるディレクトリを指定し、
変数"FLIST_PATH"にAviUtlで書き出したキーフレームリストのパスを指定した状態で
for /f "usebackq tokens=*" %%i in (`java -cp %ATF_PATH% atf02 "%FLIST_PATH%"`) do @set AVS_TRIM=%%i
を実行します。
これで変数"AVS_TRIM"にAvisynth用のTrimコマンドが代入されます。
＊変数に代入できれば後はもう自由に出来ると思います。
また、logoGuillo v2.03以降に同梱のatf02で以下のような引数を追加する事で、変数"CHAP_PATH"にオフセット-0.5secを加えたチャプターファイル (*.chapters.txt 形式)が出力可能です。
エンコード後のmp4に埋め込む事でパート毎のチャプター付mp4が出来ます。
for /f "usebackq tokens=*" %%i in (`java -cp %ATF_PATH% atf02 "%FLIST_PATH%" -chap "%CHAP_PATH%" -offset -0.5 `) do @set AVS_TRIM=%%i
BAT処理2：AVSファイルにTrimコマンドを書き込む
AVSファイルの作成は皆さん色々な方法で行っていると思います。
私はBATでマスタAVSファイルをコピー後、CLIのテキスト置き換えソフトでAVSファイル内のキー文字列を置き換える方法をとっています。
AVSファイルのTrimコマンドを挿入したい位置に「#TRIM#」を記述しておき、「#TRIM#」を変数"AVS_TRIM"に格納されたTrimコマンドで置き換えています。
以上で手動CMカットの手順は終わりです。
余談になりますが、logoGuilloのデフォルト出力形式がフレームリストになっているのは手動CMカット/自動CMカットどちらの方法をとっても後段のエンコード処理の内容が変わらないようにする為です。
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logoGuilloの出力結果をAviUtlで確認し修正する方法（半自動CMカット）
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