対策としては
マイクロソフト：Windows Vista または Windows Server 2008 を実行しているコンピュータに PCI Express 拡張シャーシを接続すると、エラー メッセージ "コード 12" または "コード 31" が表示される
の記述通りに
HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\PnP\Pci
に32bitDWORDなレジストリキー"HackFlags"を作成し、以下の値を指定します。
・コード12：PCI Expressブリッジデバイスの列挙失敗の回避策は400（16進）
・コード31：PCIバス番号不足の回避策は200（16進）
・上記二種類の回避策を同時に使用するには600（16進）
当方の環境ではコード12でのエラーが出ていたので素直に400を指定し無事動作しました。
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| USB3.0ホストが正常認識された |
ついでにUSB3.0ホストコントローラ（μPD720200）のドライバとファームウェアの話を載せておきます。
USB3.0は高速で給電能力も高く便利なのですが、初期の製品では相性などの問題が割と出ていました。
私が使用しているAREA PEU3N-2ELにはホストコントローラとしてNECエレ（現ルネサス）製のμPD720200が載っています。
このμPD720200はUSB3.0ホストとして世界初（人柱向け）の製品で、登場後に相性問題を回避・修正するべく更新版のドライバやファームウェアが数種類出ています。
しかしNEC製の石はドライバやファームウェアが直接公開されていないので、同じチップを使用した別製品のドライバとファームウェアを流用する必要があります。
おまけに途中でNECエレクトロニクスがルネサステクノロジと合併してルネサス エレクトロニクスとなったのでドライバの名義も二種類あり面倒な事になっています。
なので比較的簡単なμPD720200のドライバとファームウェアの入手先を紹介しておきます。
NEC名義のドライバダウンロード先
センチュリー：RENESAS製USB3.0ドライバと弊社製品の相性について
ルネサス名義のドライバダウンロード先
センチュリー：RENESAS製USB3.0ドライバと弊社製品の相性について2
ファームウェアは各マザーボードメーカー(GIGABYTE/ASUS)やレノボなどが公開している物が流用できます。自分が購入した物と同世代の製品を中心に探すと見つかりやすいです。
参考までに当方の環境(Windows 7 SP1 x86＋μPD720200)では以下のドライバとファームウェアの組み合わせで正常動作しています。
・ドライババージョン：1.0.19.0（上記リンク先のNEC名義ドライバ）
・ファームウェアバージョン：3.0.2.5（レノボの6myf01ww.exe）
現在ではμPD720200の後継品として既にµPD720200A、μPD720201、μPD720202が登場しています。実効転送速度の向上と消費電力の削減が行われています。
USB3.0のホストコントローラとしてはルネサス（旧NECエレ）が製品投入で先行した事もあり事実上の標準となっているので、新規に購入する際はRENESAS D720202 コントローラ（=μPD720202）が搭載された物を選択すると良いです。
＊信じられない事に「某メーカーのUSB-IFの互換性認証をパスしていない石」を搭載した製品も流通していたりします。